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2088年ごろに開始された、パペット・ソルジャー・プランに関わっていたヴァンパイアズ、B組織に対する調査・制圧作戦。

ロイ調査官をはじめとするC.I.S.U.、サーナ大尉らO.C.U.正規軍の一部？、O.C.U.軍所属傭兵部隊のストーム隊、ヴァンパイズに拉致されたサーナの行方を追っていたトーネード（元O.C.U.軍チャリオット隊所属傭兵）が率いる独立部隊などが、同作戦・調査および制圧任務に参加している。

経過

ハフマン島での拉致事件に関し水面下で調査がはじまる

2087年頃からハフマン島国境付近での兵士・傭兵拉致事件が繰り返し発生。
2088年には、U.S.N.政府で新兵器（生体兵器？）開発への不正支出が取り沙汰される。
同年？、C.I.S.U.のロイ調査官がヴァンパイアズでの潜入捜査開始。ナンバーズ入りを果たし、以後はダークナイトと名乗っていた。

O.C.U.軍では、サーナ、ホセが正規軍としての身分を隠し、傭兵部隊「チャリオット隊」として拉致実行組織の依頼元に関する現地調査を開始。

ランサー隊に替わりストーム隊編成、チャリオット隊に増員

2089年夏、ランサー隊がヴァンパイアズによる襲撃を受け、ランサー隊長以下6名が拉致された。副隊長のレインとバギーは基地へ帰還したが、他の隊員と家族を人質に取られたランサーは、ヴァンパイアズの脅迫に屈し、ナンバーズのドラグーンとして組織の活動に加担する。しかし、人質らは殺害されている。

その拉致事件の数日後、ストーム隊が編成され、レイン、チャンプ、オッドアイが入隊（グレイは遅れて入隊）。同じ時期、チャリオット隊へトーネードが入隊している。
なお、オッドアイらとトーネードは、入隊のトライアウト時を一緒に受け、お互い顔見知りであり、ストーム隊とチャリオット隊とで模擬戦を行ってもいる。

［ストーム隊］ アルケミストが傭兵基地内で工作活動

アルケミストがレインとバギーを捕獲する目的で第81傭兵基地に潜入し、ストームの監視と情報収集・工作活動を開始。

単機ミッションに出撃したバギーがグリフォンアイによる襲撃を受け瀕死。消息を絶ったバギーを捜索中のストーム隊がこれを発見するが死亡を確認。また、グリフォンアイを撃破。
後日、内通現場をストームに目撃されたアルケミストが逃亡を謀り、傭兵基地施設を爆破。ストームの追撃を逃れられず、友軍に自機の破壊を要請しアルケミストは死亡。

［ストーム隊］ バーサーカー隊

メナサ港？16番ドックで新型WAPパーツ陸揚げ作業の警護任務中、キマイラ（バーサーカー隊所属）と遭遇。

ケイディンズ密林地帯で敗走中の残存部隊掃討任務で、バーサーカー隊と交戦。
リッチが残存部隊を利用して、ストーム隊とバーサーカー隊の交戦を仕向けたが、バーサーカー隊はストーム隊の反撃を受け撤退。続いて、軍の上層部からの情報提供を受けたストーム隊は、ロクスタ砂漠で補給作業中のバーサーカー隊と交戦。
後日、バーサーカー隊により傭兵基地が襲撃を受けるが、ストーム隊が反撃に成功しこれを排除。同隊員は死亡。

［ストーム隊］ アリーナ周辺での戦闘

ペセタ？のアリーナ警護任務で、アリーナにエントリーするWAPを標的として襲撃を繰り返していたコーガを撃破。ダークナイトとも交戦するが同機は撤退。

後日、ロクスタ砂漠東のメール川流域でモンク率いるアリーナ出場WAPと交戦となるが、旧知の仲であるモンクとチャンプが和解。これを背信行為と判断したマンティコアの制裁によりモンク死亡。マンティコアは戦線を離れるが、ストーム隊がこれを追跡しパルンタ砂漠北端付近で撃破。

［ストーム隊］ パーキンス氏の取材協力

ストーム隊が、統治区（ペセタの南方？）で取材活動中に行方不明となったレイチェル・パーキンスらを保護。その際、ゲリラと戦闘となり、パーキンスら2名が負傷、ジョンストンが意識不明の重体、ドライバーは死亡した。

数日後？、軍上層部からの命令で、ハフマン島開拓時に建てられたペセタ北方の施設跡で取材活動するパーキンスを警護中にデスと戦闘となり、これを撃破。
パーキンスは取材内容の信憑性を高める証拠品を手に帰国するが、それが公表されることはなく、後日、同氏の自殺が報道された。C.I.S.U.ではこの自殺を、PS計画など一連の事件に対する口封じのための工作と見ている。

［チャリオット隊］ バハムートとの遭遇、基地崩壊

チャリオット隊が素体の確保を狙うバハムートと立て続けに2度の作戦で遭遇し、3度目の交戦でサーナが拉致された。この交戦でホセは重体となり、本国へ送還。

戦力がトーネード、ミスト、ナパームだけとなった基地に対し、ヴァンパイアズが大型機動兵器を含むWAP部隊で襲撃を仕掛けた。
救難信号を受信し、近隣基地から駆け付けたグレン・デュバルとこれに対抗。ヴァンパイアズを撃滅するが、続いて爆撃機による空爆によって基地は壊滅した。

トーネードとミストはデュバルと共に基地を離脱し、爆撃に巻き込まれたナパームは、その後救援に到着したロイド・クライブらの部隊に助けられた。
トーネードらはウィルムから追撃を受けたがこれに反攻。ウィルムは爆死。

その後、O.C.U.軍によりこの襲撃事件に関する調査が行われたが、事件性のない爆発事故として扱われ、スタッフ22名は避難し、負傷者・行方不明者はなしと報告されている。

行き場を失ったトーネードとミストはデュバルが所属するO.C.U.軍基地に寄留し、ペセタ近郊などでレジスタンスらの暴動鎮圧任務に携わった。

［トーネード隊］ 独立部隊として活動開始

トーネードらはO.C.U.軍基地を離れ、間借りしたライコフ所有のハンガー施設を拠点に、独立部隊（トーネード隊）としてサーナ拉致に関する情報収集を開始。

O.C.U.領内の山岳地帯で消息を絶ったというヘパイスト隊の捜索のため、ミストが単機で出動し、ほどなくして同隊に遭遇。
山地を抜けたところでヴァンパイアズ？の基地を発見し、合流したトーネードと共にこれを撃滅した。

戦闘後、ヘパイストは隊を解き、旧知のファルコンが指揮するストーム隊へ。ヒュン、バッカスはトーネード隊に参加することとなった。

［ストーム隊］ ナイトメアによりデルタ隊壊滅

（モーガン要塞高地西側で？）輸送部隊護衛中にナイトメアと遭遇。デルタ隊の増援もあり、これを駆逐。

その後、軍上層部の要請によりデルタ隊とベルチカ付近で合同作戦を展開するも、先行したデルタ隊はナイトメアにより壊滅し、隊員らは拉致された。
軍上層部からのデルタ隊員の救出依頼を受け出撃し、ペセタ西の国境付近でナイトメアを撃破する。同隊員らには拷問が行われ、フェイスレス隊長は素体として利用するため他所へ移送され行方不明。他隊員は死亡が確認された。
フェイスレスが残した手記が現場から発見され、ヴァンパイアズがサカタ社の傭兵部隊であることや、同隊の目的に関する情報が、ストーム隊にもたらされた。

［ストーム隊］ 対ヴァンパイアズ作戦開始

当初、軍は傭兵の行方不明事件の報告を受けても調査活動などは一切行っていなかったが、政府立案の対ヴァンパイアズ作戦を正式に発令。停戦協定で活動に制限がある正規軍に代わって、ストーム隊が同作戦に加わり、ナンバーズの撃破が主任務となった。

まず、メナサ西にあるヴァンパイアズの前線基地を制圧。シャイターン、イフリートが死亡。
続いて、同隊に背信したダークナイトとの共闘でウェイン山麓の空挺基地と要塞化した工場を同時に強襲し、制圧に成功。

ストーム隊の攻勢に危機感を感じたリッチがサカタ社？へ同隊の活動を制限するよう要望。一方で、軍上層部がヴァンパイアズの働きに懐疑的であることがリッチへ伝えられ、サカタ社も見切りをつけつつあるとが示唆される。

［トーネード隊］ ヴァンパイアズの核心へ

トーネード隊が、ライコフを経由してストーム隊から得た情報をもとにバーサーカー隊が補給を行っていたフリーダム南西のロクスタ砂漠へ出撃。バーバリアン、ウェアウルフと交戦となる。

以前、ミストが収容されていたPSプランの研究施設でゴーストに遭遇。
ゴーストを追跡する捕獲部隊と戦闘となるも、レイジを保護し拠点へ移送することができたが、まもなく死亡。

［ストーム隊・トーネード隊］ ヴァンパイアズ拠点への攻撃が本格化

ダークナイトがC.I.S.U.のロイ調査官であることが明かされ、その指揮下でストーム隊が重要拠点に通じるペセタ北東にある橋の制圧作戦が完遂。これにより、ヴァンパイアズの戦力を分断した。

一方で、トーネード隊に対し、大型機を含むヴァンパイアズ部隊が拠点襲撃を試みるが、これを掃討。保護した降伏兵と鹵獲した大型機から、ヴァンパイアズの拠点割り出しに成功した。

ストーム隊は、ウェイン山麓南側でヴァンパイアを伴ったデーモン、ドラグーンと交戦。ヴァンパイアは魔導士隊のもとへ移送されたが、残る2体を撃破。ドラグーン（ランサー）の救出を試みるも、自爆装置が作動し死亡。
直後、敵増援が到着するが、ヴァンパイアズの要塞への途上でトーネード隊がこれに遭遇し、ヴァンパイアを追うストーム隊に代わって、これと交戦し撃破。

［ストーム隊・トーネード隊］ ヴァンパイアズ崩壊

ストーム隊はヴァンパイアズを追跡し、フリーダム北方にあるヴァンパイアズの要塞へ到着したが、目前でヴァンパイアは再び移送（グレイロックへ？）。
ロイがこれを追って離脱した後、魔導士隊はバイオジャマーを使用し、ヘパイスト、オッドアイ、グレイ、チャンプの捕獲に成功する。ストームとレインはこれを逃れ帰還したが、レインは重傷を負った。
程なくして、ロイの調査により隊員らの移送先を特定し、ストームとロイの2機でチャンプ、グレイを救出。

トーネード隊はヴァンパイアズの要塞にて、ヴァルキリー（サーナ）を発見。同隊と交戦となりバハムート撃破したが、ヒュン、バッカスを失う。ドールマスターはヴァルキリーと共に逃走した。
後、O.C.U.正規軍のホセ大尉、ヒナタ准尉らと共に、ドールマスターが逃げ込んだPSプラン研究所を強襲し、サーナを保護。ドールマスターは死亡。

ヴァンパイアズはサカタインダストリィの裏切りにより事実上崩壊。
ストーム隊（ストーム、チャンプ、グレイ）は、試作機で構成されたアンデッド隊を率いて逃走準備を進める魔導士隊をウェイン山西部の港で撃破した。

［ストーム隊・トーネード隊］ 本拠地制圧

トーネード隊にホセ、ヒナタが参加。ヴァンパイアズの本拠地防衛線を突破し、レイブンを除くケルベロス隊を撃破。
同施設内で戦闘となるが、レイブンが施設動力部の暴走を利用して拠点を爆破し、完全に崩壊させた。レイブンは逃走。サーナ率いるO.C.U.正規軍部隊が現場に到着。

ストーム隊はグレイロック近郊の医療施設でヴァンパイアズと交戦。オッドアイは復帰するが、ヘパイストは死亡。ヴァンパイアズは総力戦で臨むも制圧され、リッチは死亡、フェイスレスは重傷ながらも保護された（本国の医療施設へ搬送され、数日後に死亡）。

対ヴァンパイアズ作戦終了。

［ストーム隊・チャリオット隊］ B組織調査

フリーダム近郊で、ストーム隊がB組織に追われるアイシャ･ロマリアフを保護。身を案じ本国へ送るため空港へ移送するが、再びB組織から襲撃を受けロマリアフが拉致される。

グレイロックの施設やパルンタ砂漠北方付近を捜索を経て、ロマリアフの遺留品からフリーダムの東方にある医療施設の割り出しに成功。同施設での調査の結果、B棟と呼ばれる別の施設にいる疑いが強まり、チャリオット隊と共に救出作戦を実行。無事、保護した。また、この作戦により施設・組織の研究内容が判明する。

続いて、ストーム隊は、B1試作機の実験が行われていた、フリーダム東方にある研究施設を調査。さらに、U.S.N.領ラーカス地区にある研究施設を強行偵察し、U.S.N.正規軍と交戦。
この作戦で得られた情報から、生体兵器のコアシステムが量産段階にあり、脳髄を利用したWAP制御装置をX-00タイプに転用する計画が進行中であることと、研究開発拠点が明らかとなった。

ストーム隊は、ベルチカ西方にあるB組織拠点の制圧作戦を完遂。
X-00実験機をすべて破壊。B組織は施設を放棄。施設ではミゼット・ブラウン博士、ギルモア博士が研究に従事していた。